Khi Lý Khắc Dụng nổi dậy chống lại Đại Đồng (大同, trị sở nay thuộc Đại Đồng, Sơn Tây) Quan sát sứ Đoàn Văn Sở (段文楚) vào năm 878,[6] Lý Khắc Ninh theo anh khởi binh và đảm nhậm chức vụ Phụng Thành quân sứ. Khi đối thủ của Lý Khắc Dụng là Hách Liên Đạc tiến công căn cứ của quân Sa Đà tại Hoàng Hoa (黃花, nay thuộc Sóc Châu, Sơn Tây), Lý Kế Ninh đăng thành huyết chiến, sau đó tham gia trấn thủ Úy châu (蔚州, nay thuộc Trương Gia Khẩu, Hà Bắc).[3] Sau, Lý Khắc Dụng chiến bại và buộc phải chạy đến chỗ người Đạt Đát, tức khu vực Âm Sơn.[6] Năm 881, Lý Khắc Dụng rời khỏi Đạt Đát để giúp triều đình trấn áp khởi nghĩa Hoàng Sào,[7] Lý Khắc Ninh nằm trong đội quân này; ông tiếp tục theo anh trong các chiến dịch chống lại Hoàng Sào.[3]

Năm 883, Đường Hy Tông bổ nhiệm Lý Khắc Dụng làm Tiết độ sứ vì lập được đại công trong việc trấp áp loạn Hoàng Sào,[8] sau đó Lý Khắc Ninh được bổ nhiệm là Thứ sử Liêu châu (遼州, nay thuộc Tấn Trung, Sơn Tây), và sau đó chuyển sang làm Phòng ngự sứ Vân châu (雲州, nay thuộc Đại Đồng, Sơn Tây). Đầu những năm Càn Ninh (894-898) thời Đường Chiêu Tông, Lý Khắc Ninh được bổ nhiệm là Thứ sử Hãn châu (忻州, nay thuộc Hãn Châu, Sơn Tây).[3] Ông phụng sự Lý Khắc Dụng khi Lý Khắc Dụng đánh bại Tĩnh Nan (靜難, trị sở nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) Tiết độ sứ Vương Hành Du vào năm 895,[3][9] do lập được quân công nên được bổ nhiệm giữ chức Tư đồ.[3]

Năm 902, thủ phủ Thái Nguyên của Hà Đông bị Tuyên Vũ (宣武, trị sở nay thuộc Khai Phong, Hà Nam) Tiết độ sứ Chu Toàn Trung bao vây; khi đó Lý Khắc Ninh vừa rời Thái Nguyên trở về Hãn châu, song khi hay tin Chu Toàn Trung tiến công, ông đã trở lại Thái Nguyên và tuyên bố: "Thành này là nơi ta chết. Ta có thể đi đến nơi nào khác?". Lý Khắc Ninh đã giúp giữ vững sĩ khí cho binh lính, kết quả là thành đã giữ được.[10]

Đầu những năm Thiên Hựu (904-919), Lý Khắc Ninh trở thành Nội ngoại Phiên-Hán đô tri binh mã sứ, giữ chức Thái bảo, Chấn Vũ (振武, trị sở nay thuộc Sóc Châu, Sơn Tây) Tiết độ sứ, có thể tự quyết định các vấn đề quân sự và chính trị.[3]

Năm 908, Tấn vương Lý Khắc Dụng lâm bệnh nặng, giao phó Lý Tồn Úc cho Lý Khắc Ninh, Trương Thừa Nghiệp (張承業), Lý Tồn Chương, Ngô Củng (吳珙), và Lô Chất (盧質), trước khi qua đời vào ngày 23 tháng 2.[1][2]